本校自創辦時即以「精緻之大學型態，恢復宋明書院之精神，培養知識與道德並重之青年」辦學，雖歷經高等教育環境的變遷，經多次校內共識會議與相關計畫的執行，將以落實傳統書院精神現代實踐的使命，聚焦在傳統書院精神的現代意涵，作為校務發展計畫的重點與方向，以書院型大學為長程校務發展目標。
近年來教育部推動多項政策改革與創新計畫，其目的不外乎輔助各校確認自我定位與發展辦學特色，本校則進一步以發展書院型大學為長程校務計畫目標。書院之推動將採逐年建置，107年度起先行試辦雲水書院及林美書院，將陸續設置五個書院：雲水書院、林美書院、雲來書院、海雲書院、蘭苑書院，建構共融共學平台，型塑學習共同體環境氛圍。108年度將書院納入組織規程，後續依本校中程校務發展計畫規劃，落實書院中師生共住共治之理念。109年度建置校內雲來及海雲兩棟書院，110年度書院設總山長，並於山長下設各書院主任，由本校專任教師兼任，協助山長規劃生活教育、書院活動等事務；蘭苑書院籌備處成立，並運作規劃書院活動，111年度五棟書院全面建置完成，邁向書院型大學的目標。而為落實「以學院為核心」之書院教育推動，112學年度設置「雲起書院」、「澄正書院」、「德香書院」、「雲慧書院」、「雲水書院」，以及「樂活書院」據以推動書院教育。
本校於104學年度經董事會同意，訂定長達15年（104-118學年度）的長程校務發展計畫，並以每5年規劃中程校務發展計畫為一期程，共計三個期程進行校務經營長期擘劃，再依據高教變遷趨勢研提相應策略，透過校內管考與外部機制，配合組織架構調整、資源有效整合、教學與評鑑制度調整等機制，期望打造一所有特色、永續經營的大學。114-118學年度中程校務發展計畫，延續109-113學年度中程校務發展計畫主軸，規劃「營造優質環境、提升教學品質、落實全面輔導、培育致用人才與面向人間社會」等五項策略為主軸，謹說明如次：
第一項，以倡導與自然環境相容，營造優美校園空間、提供豐富資源服務與型塑品牌形象；
第二項，從充實優質師資陣容、貫通書院教育課程，以及強化教學品質保證機制，以提升教學品質；
第三項，藉由落實全人品德教育、完善輔導深化機制與建構活潑健康校園，以落實全面輔導之策略；
第四項，加強實務教學導向，並增進服務創新能力，暢通實習職場進路，以培育致用人才；
第五項，由深耕在地社會實踐與發展國際兩岸合作，達到面向人間社會之校務發展目標。
本校地理位置絕佳，具備遠離塵囂、風光明媚、秀麗校園的條件；立校精神更是秉持星雲大師「人間佛教」之理念，重視大學的入世精神、經世治國的重責大任。因此，發揚傳統書院精神、賦予現代精神，並全面性落實實踐，為本校努力的課題。希望藉由分年計畫的實施，為達成培育人才之教育目標奠定基礎：
- 以通識與書院教育培育智德兼具的現代公民。
- 結合「三好」理念與「四給」精神，發揚人間佛教的社會影響力。
- 經由專業為本的跨域培力，發展因應多元社會的實務能力。
- 培養自學自覺能力，順應趨勢擁抱未來。
何卓飛校長串接學校發展優勢，並兼顧教師職涯發展所需，將學校自我定位為「創新學術為基礎之精緻教學型大學」，此即強調以教學創新為前提，鼓勵師生透過跨領域專業整合，將學術發展融入產業實務、在地連結、教學實踐研究等特色，藉以發展本校辦學優勢，而本校長中程校務發展計畫，亦依此定位漸次展開。故在教學方面，對於教師的專業培養、教學品質的重視與學生輔導及跨領域學習，實習課程及生涯適性輔導，畢業生就業情況與追蹤輔導，均有相關機制與執行經驗，且國際化的發展上，拓展國際姐妹、結盟或交流學校的行動落實，同時也加強教師研究的產能與品質，並鼓勵參與學術相關活動及社會貢獻，因此本校選定教學、國際化及研究三個面向，作為辦學特色項目。
選定三項辦學特色面向，均以中程校務發展計畫為圭臬，本校109-113學年度中程校務發展計畫緊扣五項策略發展，再逐年執行、檢討並調整之，希望透過三生教育（體驗生命關懷、提升生活素質與追求生涯發展）、三品教育（品德、品質與品味）與三好運動（做好事、說好話、存好心），以培養兼具人文素質與涵養之社會中堅人才。藉由各項資源的投入，於113-114年度持續推動各項行動方案，培植學生成為有「品德、品質、品味」的現代年輕人、「做好事、說好話、存好心」的三好青年，以及實踐「給人信心、給人歡喜、給人希望、給人方便」的社會中堅，發揚人間佛教利他的精神，培養自學、自主思考與行動的能力，發展因應多元社會的實務能力。